Ci sono diventato matto ma alla fine ho trovato la soluzione al problema che affligge Thunderbird 24.1.0.
Hai mai visto questa finestra?

(Si, hai letto bene: Appropiato)
Dopo l'aggiornamento a Thunderbird 24.1.0, questo avviso appare quando si tenta di cambiare le impostazioni degli account di posta.
In poche parole, non si sa perchè (bug?), Thunderbird non vuole più la posta (directory Local Folders) dentro la stessa directory del profilo.
Nel mio caso, la directory "Local Folders" era contenuta in:
...\Thunderbird\Profiles\h3k6384k.default\
Cioè:
...\Thunderbird\Profiles\h3k6384k.default\Local Folders
All'interno di Local Folders sono presenti tutti i messaggi e le cartelle della nostra posta e nel mio caso, un archivio che risale al 2002.
Sposta Local Folders in qualsiasi altro punto, anche solo un livello di directory più alto.
Nel mio caso, per far si che tutti gli script di backup continuino a lavorare senza modifiche, ho spostato Local Folders in
...\Thunderbird\Profiles\
In pratica
...\Thunderbird\Profiles\Local Folders
Fatto ciò, apri Thunderbird, vai nella configurazione account ---> Impostazioni Account
e imposta la nuova posizione di Local Folders

Thunderbird chiederà di essere riavviato e come per magia, il messaggio di errore non apparirà più.